Kun EU:n rahoitusta ja mahdollista Norjan Interreg-rahoitusta koskeva hakemus on jätetty, se valmistellaan ao. sihteeristössä. Sen jälkeen Pohjoinen-ohjelman kaksi hallintokomiteaa priorisoi hankkeet pitämissään kokouksissa. Hallintokomiteoita on siis kaksi, toinen Pohjoinen osa-alueelle ja toinen Saamen osa-alueelle.
Hallintokomiteat selvittävät, onko hanke ohjelman tavoitteiden mukainen, ja priorisoivat hankkeet, joille EU-tukea ja vastaavasti Norjan IR-varoja myönnetään. Hallintokomiteat kokoontuvat vähintään kaksi kertaa vuodessa.
Kun hallintokomiteat ovat suositelleet hankkeelle rahoitusta, hallintoviranomainen (Norrbottenin lääninhallitus) antaa laillisesti sitovan päätöksen EU-varoilla rahoituksesta. Tromssan maakunta antaa päätökset Norjan IR-varoilla rahoituksesta.
