Efter att ansökan om EU-finansiering och eventuell norsk Interreg-finansiering lämnats in bereds den vid respektive sekretariat. Därefter gör de två styrkommittéerna för Nordprogrammet en prioritering av projekt vid deras respektive styrkommittémöten. De två styrkommittéerna är uppdelade per programområde, det finns en för delområde Nord och en för delområde Sápmi.
Styrkommittéerna bedömer om projektet överensstämmer med programmets ändamål och prioriterar de projekt som ska beviljas EU-stöd respektive norska IR-midler. Styrkommittéerna har minst två möten om året.
Efter att styrkommittéerna har rekommenderat finansiering till ett projekt fattar Förvaltande myndighet (Länsstyrelsen i Norrbottens län) det juridiskt bindande finansieringsbeslutet om EU-medlen. Troms fylkeskommune fattar beslut om norska IR-midler.
